L’agglomération compte 12 gares et 5 lignes ferrées : RER A et C, Transilien lignes J, L et H. 65 000 voyageurs prennent chaque jour l’un des 280 trains qui circulent à Cergy-Pontoise.
Les gares du territoire sont desservies par 2 lignes RER et 3 lignes Transilien :
- RER A : en direction de Paris, Marne-la-Vallée et/ou Boissy Saint-Léger
Fréquence en heures de pointe en semaine : toutes les 12 minutes
- RER C : en direction de Paris, Saint-Martin d'Étampes et/ou Dourdan la Forêt
Fréquence en heures de pointe en semaine : toutes les 15 minutes
- Ligne J : en direction de Paris Saint-Lazare
Fréquence en heures de pointe en semaine : toutes les 10 minutes au départ de Pontoise et toutes les 20 minutes au départ d'Osny, de Saint-Ouen l'Aumône l'Église et d'Éragny-Neuville
- Ligne L : en direction de Paris Saint-Lazare
Fréquence en heures de pointe en semaine : toutes les 10 minutes
- Ligne H : en direction de Paris Gare du Nord et/ou Creil et Persan-Beaumont
Fréquence en heures de pointe en semaine : toutes les 15 minutes
Ainsi, ce sont près de 280 trains qui quittent chaque jour l'agglomération pour rejoindre Paris.
À titre indicatif, quelques temps de parcours en train ou en RER :
- Cergy-Préfecture ↔ La Défense (RER A) = 32 minutes
- Pontoise ↔ Saint-Lazare (ligne J) = 28 minutes
- Cergy-Préfecture ↔ Châtelet - Les Halles (RER A) = 42 minutes
- Saint-Ouen l’Aumône ↔ Gare du Nord (ligne H) = 43 minutes
- Cergy-le-Haut ↔ Saint-Lazare (ligne L) = 47 minutes